Magdalena Hinterdobler wurde am 1986 in Straubing geboren. Sie erhielt ihren ersten Gesangsunterricht im Alter von 14 Jahren.
Im Herbst 2002 trat sie in die Klasse von Prof. Dr. h.c. mult. Edith Wiens an die Hochschule für Musik und Theater München als Jungstudentin ein, wo sie derzeit das Hauptstudium im Bereich Konzertgesang und Musiktheater absolviert. Ebenso ist Magdalena Hinterdobler seit Herbst 2008 Mitglied der Bayerischen Theaterakademie August Everding.
Sie besuchte Meisterkurse bei Prof. Margo Garrett, Prof. Brian Zeger (Juilliard School, New York) , Prof. Christian Gerhaher und Prof. Rudolf Piernay (Guildhall School of Music, London).
Magdalena Hinterdobler erhielt 2002 einen 1. Preis beim Bundeswettbewerb „Jugend musiziert“. Beim Juniorwettbewerb des „Bundeswettbewerbs Gesang Berlin“ konnte sie 2004, als weitaus jüngste Teilnehmerin, einen 2. Preis erlangen.
Die junge Sopranistin konnte vielfältige Opern- und Konzerterfahrungen sammeln: So sang sie schon im Alter von 17 Jahren mit dem Münchner Kammerorchester unter der Leitung von Christoph Poppen. Die Sängerin ist regelmäßige Gesangssolistin des Augsburger und des Niederbayerischen Kammerorchester mit Werken wie Die Schöpfung von Haydn, Mozarts Requiem und Bachs Johannespassion. Mit diesem Werk war Magdalena Hinterdobler im März 2008 zusammen mit dem Münchener Motettenchor unter der Leitung von Haiko Siemens im Herkulessaal der Münchener Residenz zu hören. Im Juni desselben Jahres sang sie Bachs Hohe Messe in h Moll bei den Landsberger Bachtagen mit dem Orchestra of the Age of Enlightenment. Im Herbst 2009 war sie Solistin des Stuttgarter Bach Collegiums und der Gächinger Kantorei unter Alexander Liebreich beim Musikfest Stuttgart. Ferner pflegt sie eine rege Konzerttätigkeit mit dem Pianisten Gerold Huber.
Erste Opernerfahrung sammelte sie in ihrer Heimatstadt als Papagena in der Zauberflöte von Mozart. Im Herbst 2008 war sie am Münchner Prinzregententheater als Pepi Pleiniger in der Operette Wiener Blut von Johann Strauß zu hören. Im Januar 2010 sang sie die Adele in Strauß‘ Fledermaus.
Seit 2009 ist sie Stipendiatin des Vereins „YEHUDI MENUHIN-Live Music Now“.